外界的丧尸病毒泄漏与保护伞公司无太大关联，此时保护伞公司的研究所内，人们还在研究T病毒的拓展作用。一间会议室内，江山坐在圆桌首位，其余座位上皆是保护伞的高层，他们手里都拿着一份关于浣熊市近期情况的资料。
浣熊市，保护伞公司的城市产业。就在昨天，这里发生了大规模的生化病毒感染。并非T病毒，而是一所不知名生物机构弄出来的孢子病毒聚合体。
目前，可以确认的是，此病毒依靠的是血液传播、水源传播和微量空气传播（具体表现为人员死亡后，死者复苏，成为只想食活人肉的活死人）。此病毒非常复杂危险，世界卫生组织向全世界发出预警，病毒血清、疫苗研制失败，应当武装民众，共同对抗感染者；保护伞公司尝试采集该病毒样本，之后得出结论，暂时无法研制出解药，已用于T病毒的研究拓展；另一边，帷幕内的组织基本都研究出了新病毒疫苗（该疫苗会根据病毒毒株的变异自行产生对应抗体），并给帷幕内大多数人员接种。
……
病毒泄漏三天后，保护伞公司的U.B.C.S.小队被派往浣熊市执行任务，目的是收集病毒样本和观察、记录感染体突变情况。“头，就是这里吗？”一名女子小心翼翼地进入下水道，而队员们已经在下面等她了。“好，装上消音器向前挺进。”队长举起手中已经装好消音器的MP5冲锋枪，示意队员打开进入水渠系统的阀门。
“咔咔咔——”下水道的重型阀门被打开了，队长举枪率先进入，里面的景象让他在防毒面具后的脸都不由得颤了颤，一种干呕恶心的状态涌上心头。随后进入的队员也被里面的景象吓傻了：肮脏发臭的水面生长着许多充满肉感的孢子，它们还在不停地蠕动，恶心极了；旁边的支撑柱不堪重负，被一根又一根肉触手所缠绕，出现丝丝裂痕；天花板绽放出大片的孢子肉花，花叶脉清晰可见，像条条扭曲溃烂的血管，其中还有不少孔洞，从中不时流出黄绿色的脓液。远处，还隐隐可以瞅见几个臂部严重突变的感染者在无意识地游荡。
队长强忍住恶心，和队员们说：“据可靠消息，感染者的弱点是头部，等会尽量打准点，可别让其他三个小队的人看扁了。”“是！”队员们齐声应答。保护伞公司为了此次任务能够顺利完成，特地派了四个小队从下水道不同方向进入水渠系统，这支小队就是其中之一。
水渠系统的另一边，大概是偏中央点的地方，一支9人的GOC加强全面步兵班（红色套装）和SCP基金会“疯帽商”机动特遣队（6人）正在执行任务。他们的目标很简单，尝试捕捉与一种被称为“血刺”的特殊变异体，若捕捉不了，则直接消灭。这个折中的方法，GOC那边也勉强接受了。联合小队的次要目标是清理水渠系统所有污染物（包括感染体、尸体）。
回到U.B.C.S.小队这边，第一小队已经消灭了几个感染者，此时正在尝试清理地上的“孢子监控”。子弹击中“孢子监控”后，孢子从头到尾被穿出几个洞,养分大量流失，渐渐失去了活性，很快就枯萎了。第一小队很快从大片的“孢子监控”间开辟出一条路，队伍顺利通过了这里。
与此同时，“疯帽商”机动特遣队正使用可杀死孢子的特制溶液喷枪清理孢子群落。隔间，保护伞公司U.B.C.S.第四小队正在接近联合小队所在房间。这时，负责护卫工作的GOC小队似乎听到了什么，打开了护目镜上的墙体透视功能。隔着一面墙，GOC小队完整且清楚地看到第四小队的队员正靠在墙上休息，控制室里的孢子已经被清理得七七八八了。
“这里是‘浣熊市特别行动小队’，发现数量未知的武装力量……收到最新指令，消灭敌人！”GOC小队队长与“疯帽商”小队说明了情况，“疯帽商”决定暂时回避，等待GOC清理敌人。GOC小队利用透视系统，伏击了第四小队，第四小队面对装备领先于他们几十甚至是上百年的GOC小队，根本无力应对，坚持数分钟后被彻底消灭。临死前，第四小队留了信息供第一、二、三小队参考。
GOC小队消灭第四小队后，发现了因消息正在快速接近的第一、二、三小队，一场“恶战”开始了。第一、二、三小队通过第四小队临死前的信息，得知存在潜在的武装分子。为了不打草惊蛇，他们决定分散进攻，当第一小队来到第四小队被伏击的控制室时，他们看到了惊悚的事：身体部位被洞穿的第四小队队员以一种诡异的姿态重新站了起来，孢子在第四小队队员身上深根发芽，感染病毒的第四小队队员嘶吼着，浑身不断渗出鲜血，踉跄着朝第一小队扑了过来。
“开火！他们已经不是我们的队友了！”几把MP5冲锋枪朝受感染的第四小队倾泻着火力，队长大喊着，与队员们把被感染的第四小队队员全部击毙了。第一小队刚结束战斗不久，GOC小队从暗处走了出来，枪口对准了第一小队。“放下武器，抱头蹲下——”一道重金属音传出，第一小队才反应过来，不过已经晚了。
看着GOC小队清一色的红色防护套装（红色套装），主要是臂部那个蓝白色五角星倒映在世界地图上的徽章，他们下意识说：“你们是……联合国维和部队的？”GOC小队没有回答他们，星空色的护目镜上闪烁着危险的红光，重复着之前的话。第一小队队长将众人拥至前方，想在后面搞小动作，手刚摸到枪袋，一道蓝色光束穿过了他的脑袋。第一小队队员忍不住回头看，队长脑袋上有个血洞，不过洞边及里都已经焦了。
后面，GOC小队从第一小队那简单了解了保护伞公司的事，就消灭了第一小队，包括后面赶到的第二、三小队。至此，保护伞公司派遣至浣熊市的四支U.B.C.S.小队全灭。另外，“疯帽商”小队在清理完所有污染物后，使用特制笼子巧捕“血刺”并返回了地面。
得知派遣至浣熊市执行任务的四支U.B.C.S.小队全灭后，保护伞公司勃然大怒，部分小高层在江山的授意下，从北美分部（靠近浣熊市附近的基地）调动两架支奴干（CH-47）运输直升机前往浣熊市。江山有一个大胆的想法，他让两架支奴干分别在直升机下吊着一个不同的实验箱。其中，支奴干A是舔食者（2只）；支奴干B则是实验体“暴君”。
行动当日晚上21时，支奴干A、B刚把实验体箱子扔下来不久，升空准备返回时，两机驾驶员只觉得眼前强光一闪，随后两架支奴干就坠机了。大气层上下，一艘反重力战舰（伊卡洛斯级激光驱逐舰-A）显露了身形，一座激光炮台缩回了舰体，还未来得及凝聚的粒子逸散于空气中，消失了。
回到地面，“暴君”很快遇上了联合小队，此时他们准备撤离。“暴君”肉体很紧实，穿着皮大衣，发现了敌人，它以一个较快的速度奔向了联合小队。GOC小队听到声音纷纷转过头，看到“暴君”后他们似乎是不感兴趣，摇了摇头，又背过身。“暴君”奔过来时被一道从天而降的激光烧成了渣子，之后一架印着UN GOC标志的多功能运输机落地，接走了联合小队，大气层上的战舰也消失了。
保护伞公司首领江山从浣熊市监控看到了一切，他锁定了UN GOC的标志，发誓一定要找到这个组织，竟然顶着联合国的前缀。
……
病毒泄漏一周后，保护伞公司得到消息，浣熊市地下的“蜂巢”设施（T病毒研究基地）和G病毒研究设施失去联系，初步判定为沦陷。江山下达最高指令，务必回收T病毒和G病毒样本，顺带采集孢子病毒聚合体样本。
这一次，保护伞公司学聪明了，他们利用C-130“大力神”运输机在浣熊市上空空投了大量的装甲单位，又派遣黑鹰直升机空降了很多武装人员（包括U.S.S.和U.B.C.S.）。得益于“蜂巢”的特殊性，保护伞武装采用了层层推进的方式，成功关闭了“红后”，清空了感染者，有惊无险地取到了T病毒。
而另一边，G病毒地下研究设施的U.S.S.和U.B.C.S.小队就没这么幸运了。他们在一间研究室遭遇了美军三角洲特种部队，双方在狭窄的走廊交火。地面，保护伞公司的装甲部队集结完毕，开始大规模地清理感染者，可如此大的阵仗，惊动了美军。美军通过卫星图像，发现浣熊市的危机已不可控，于是派遣了一架携带战术核弹的B-2轰炸机专程飞往浣熊市进行轰炸。
地下设施的交火还在进行着，只不过枪声把给自己注射G病毒的威廉博士引来了。经过两次变异的G威廉已经丧失了作为人类的意识，不分敌我地攻击着。一时间，U.S.S.小队、U.B.C.S.小队和美军三角洲特种部队损失惨重。双方决定暂时停火，共同对付G威廉。
时间过去了许久，大约是晚上23时，B-2来到浣熊市上空并投下了一枚战术核弹。战术核弹极速下落，距地面约一百米时被引爆，巨大的蘑菇云、刺眼的强光及少量EMP电磁脉冲产生了。一瞬间，保护伞地面装甲部队灰飞烟灭；地下的保护伞小队也差不多，U.B.C.S.小队已经全军覆没，只剩U.S.S.小队和少量美军三角洲特种部队在苦苦抵抗。
就在美军牵制G威廉时，U.S.S.小队悄悄撤离了。由于通讯联系不上地面装甲部队，他们决定去“蜂巢”出口与友军汇合。临走前，他们按照旧指令启动了设施毁灭系统，意图埋葬美军和G威廉。想法是好的，他们也确实与回收T病毒的友军会合了，不过他们与总部的通讯也断掉了，这很糟糕！
美军三角洲特种部队确实因设施毁灭系统覆灭了，可G威廉在战斗过程中隐隐察觉到危险，通过设施连接的下水道-水渠系统顶着少量辐射，踉踉跄跄地离开了浣熊市。当“蜂巢”的保护伞小队得知。跟随他们一起来的装甲部队被美军用核弹炸成灰了，惊叹不已，随后庆幸自己没留在地面。
望着浣熊市城区冲天的火光和黑烟，他们上了保护伞专用列车，撤离了浣熊市。这次行动，虽然保护伞公司损失惨重，但成功回收了T病毒和采集到了新型病毒的样本，不算完全没有收获。两次行动后，保护伞公司也参与进了这次的世界大混操，在帷幕外有了一定的话语权。